Kormorane werden wieder abgeschossen, europaweit mehr als 80.000 pro Jahr, davon rund 15.000 in Deutschland. Bejagt werden entweder die winterlichen Bestände – in Bayern sterben hierbei regelmäßig zwischen 3.000 und 8.000 Kormorane – oder es finden massive Eingriffe in Brutkolonien statt.

Zu den bisher größten Bekämpfungsaktionen zählten das „Kormoran-Massaker von Anklam“ im Juni 2005, wo Jungvögel in den Nestern geschossen wurden, und die Nacht-und-Nebel-Aktion im Radolfzeller Aachried (Bodensee) im April 2008, bei der die brütenden Vögel mit Scheinwerfern von ihren Nestern vertrieben wurden. Viele der Eier starben in der kalten Nacht ab.

Die Verfolgung hat jedoch oftmals den gegenteiligen Effekt, denn

1. Kormorane aus benachbarten Gebieten wandern zu und füllen die Bestände auf,
2. es bilden sich neue Kolonien durch Abspaltung von der bejagten,
3. der Energiebedarf der Vögel wird erhöht, wodurch sie nur noch mehr fressen müssen,
4. eine Renaturierung der Gewässer und damit ein dauerhafter Schutz der Fische findet nicht statt.

Nicht zuletzt beeinträchtigen solche Aktionen wahllos andere, störungsempfindliche Arten. Mit dem Natur- und Artenschutz (§ 44 Abs. 1 Nr. 1 Bundesnaturschutzgesetz) sind solche Praktiken nicht vereinbar.